Dzieciństwo i lata wojny spędził w rodzinnym Krakowie. Studiował na Wydziale Budownictwa Wodnego Politechniki Gdańskiej (absolwent z 1961), a następnie ukończył studia na Wydziale Reżyserii w Łódzkiej Szkole Filmowej PWSTiF (1968). Pracę magisterską na temat „Humphrey Bogart. Aktor i mit” obronił w roku 1974. Samodzielnym debiutem reżyserskim Marka Piestraka była 24-minutowa nowela telewizyjna pt. „Cicha noc, święta noc” (1970), opowiadająca historię zamachu na położony w górach posterunek niemiecki. Do jego najbardziej znanych dzieł reżyserskich należą „Śledztwo” (według opowiadania S. Lema), „Test pilota Pirxa” (także na podstawie opowiadania S. Lema „Rozprawa”), „Wilczyca”, serial telewizyjny „Przyłbice i kaptury”, „Klątwa Doliny Węży”, niektóre odcinki telenoweli „Życie jak poker” oraz „Samo Życie”. Jest również autorem dokumentalnego filmu biograficznego o Leonie Niemczyku („Zawodowiec”), a także szeregu filmów dokumentalnych o tematyce alpinistycznej. Odbył praktykę w Hollywood, przy filmie Romana Polańskiego „Dziecko Rosemary”

Spotkanie z Markiem Piestrakiem odbędzie się w Lublinie po seansie jego filmu „Wilczyca„ (28 listopada, 18:00), Kino CK.